Melatoniinilääkityksestä on saatu apua suolistohaavaumien, ärtyneen suoliston oireyhtymän ja refluksitaudin hoidossa. Suoliston enterokromaffiinisolut tuottavat 400 kertaa enemmän melatoniinia kuin käpyrauhanen, joten melatoniinilla on tärkeä tehtävä suolistossa. Eläimillä melatoniinin on todettu suojaavan ruokatorven arpeutumisilta. Tutkimuksessa, jossa melatoniinia käytettiin eräiden muiden luontaisperäisten aineiden kanssa, melatoniinin hoitotehon havaittiin olevan parempi kuin protonipumpun estäjälääkkeiden (PPI). Eräs potilas halusi eroon PPI-lääkkeistä, koska pelkäsi niiden pahentavan osteoporoosiaan. Hänelle annettiin melatoniinia 6 milligrammaa päivässä 40 päivän ajan, jonka jälkeen PPI-lääkkeet voitiin poistaa. Potilas pysyi oireettomana käyttämällä pelkästään melatoniinia.
Werbach, M.R.: Melatonin for the treatment of gastroesophageal reflux disease. Altern Ther Health Med Jul-Aug; 14(4):54–8 (2008).